Francisco Javier Castaños nació el 22 de abril de 1758 y a sus diez años fue ascendido al grado de Capitán por los meritos militares de su padre y pasando a estudiar a pesar de su corta edad al seminario de nobles en Madrid.
Con 16 años es destinado al Regimiento Saboya en Cadiz comenzado así su larga carrera militar y a los 24 ascendiendo a sargento mayor y a los 31 a coronel oficial siéndole confiados entonces el mando del regimiento de África con el que presto sus servicios al rey Carlos IV en la guerra contra Francia de 1793 y por la cual obtuvo gracias a sus victorias el ascenso a brigadier en 1794 y a mariscal de campo en 1795.
En 1802 recibe el ascenso al grado de Teniente general por su defensa del puerto de Ferrol de los ingleses y nombrandose asimismo el mando de la Comandancia del Campo de Gibraltar trasladandose la sede de San Roque hasta Algeciras por considerarla un lugar más propicio para dirigir operaciones militares.
Este hecho revistió una gran importancia entonces, pues puso a Algeciras a la cabeza de la comarca en todos los ámbitos, además de en el militar.
El General Castaños realizó numerosas obras en la ciudad a través del Cuerpo de Ingenieros, entre ellas la remodelación de la Plaza Alta en 1807 en la que colocó un enorme obelisco que debía ser rematado con un busto de Manuel Godoy y el empedrado numerosas calles.
En 1808 recibe de la Junta Suprema de Sevilla el encargo de formar un ejército en Andalucía, siendo nombrado capitán general. Este ejercito lucha en 1808 en la batalla de Bailén contra los franceses y venciendo siendo de gran importancia esta victoria ya que fue una de las primeras batallas ganadas a los franceses en la guerra de la independencia, el ejercito lo formaban unos 35.000 hombres, más de 10.000 procedentes de la guarnición del Campo de Gibraltar y como y como recordó el historiador, Manuel Tapia, «la mayoría de ellos hicieron el camino en alpargatas».
El 23 de Noviembre 1808, participó en la Batalla de Tudela, que perdió a causa de falta de medios y no ser capitán general otros generales le discutían las ordenes, Palafox, por ejemplo y que propicio una gran derrota muriendo mas de 4000 soldados españoles. «En aquella noche fatal», dijo un historiador, «hubo juntas, choques, y todo menos una providencia capaz de salvar los ejércitos».
Fue elegido en 1825 para presidir la Real Junta Consultiva de Gobierno, órgano encargado de proponer diversas mejoras admnistrativas.
Después de recibir en su dilatada vida los más altos honores, títulos y nombramientos del Reino, fallece en Madrid el 24 de septiembre de 1852, a los 96 años de edad, y en la más absoluta penuria económica siendo enterrado en el Panteón de los Hombres Ilustres de Madrid hasta 1963, año en el que sus restos mortales son trasladados solemnemente a Bailén y depositados en la Iglesia Parroquial de la Encarnación con su mausoleo original.